DIRECTORY

ExPASy - Biochemical Pathways - Digitized version of wall charts courtesy Boehringer Mannheim et al, divided into Metabolic Pathways and Cellular and Molecular Processes, maintained by the Swiss Institute of Bioinformatics, Geneva, Switzerland.
Architecture for Metabolomics - ArMet at the University of Wales, Aberystwyth.
Atomic Reconstruction of Metabolism - Database of metabolite structures and related enzyme reactions. Requires Java.
BioCarta: Signaling Pathways - Research-oriented biotech company; website offers illustrations and charts of pathways in metabolism, signal transduction, and immunology.
Citric Acid Cycle - Diagram of steps in Krebs' tricarboxylic acid cycle, with 3D presentation dependent on Chime plug-in, from student at University of North Texas.
Cytochrome P450 Reductase - Overview of the biology, enzymology, and structure of cytochrome P450 reductase, an unusual electron transfer flavoprotein.
EcoCyc Encyclopedia - Database that describes the genome and the biochemical machinery of E. coli, maintained by SRI International, Menlo Park, CA.
General Overview of the Major Metabolic Pathways - A survey of human metabolism, written for undergraduates in the Health Sciences from a chemist's point of view. Includes profile of author at University of Oporto, Portugal.
Laboratory Research Projects - Studies on squalene monooxygenase dependent cholesterol biosynthesis, and the role of cytochrome P450 reductase as the electron transfer partner, by Todd D. Porter's group at the College of Pharmacy, Lexington, Kentucky.
LFT Metabolite Database - Searches on metabolites from carbohydrate, amino acid, fatty acid, nucleotide or other biochemical metabolism, including descriptions of the chemistry and function of biochemicals.
Liver metabolism - Flow chart of liver metabolism. Mousing over the chart will display explanations of pathways and enzyme reaction in pop-up windows (requires JavaScript).
Metabolic Pathways of Biochemistry - Graphical representation of metabolic pathways that are crucial to human metabolism, including 3D depictions from the George Washington University, Washington, DC.
Metabolism Course Notes - Text and illustrations on human metabolism. Covers pathways, hormonal regulation, and some discussion of medical correlations such as diabetes and favism.
Metabolism Foundation - Non-profit organization dedicated to the study of plant anatomy and physiology, established by Dr. Jim Bidlack, Edmond, Oklahoma.
Metabolon, Inc. - A company that intends to use metabolic profiling ('metabolomics') for the discovery and development of drugs and diagnostic markers.
MetaCyc - Metabolic Encyclopedia - Description of over 450 metabolic pathways and their associated enzymes, from over 150 organisms maintained by SRI International, Menlo Park, CA.
National Centre for Plant and Microbial Metabolomics - Projects and protocols, including NMR database development within the Crop Performance and Improvement Division at Rothamsted Research, Harpenden, England.
Proteolysis for Fun and Profit - Protein degradation resource.
Ruiz, Felix A. - Interests in the roles of polyphosphate in human cells and tissues, with citation linking to NLM, by assistant professor at University of Cadiz, Spain.
UM-BBD: Biocatalysis/Biodegradation Database - Lists and describes microbial pathways for the enzymatic degradation of numerous synthetic compounds. Hosted by the University of Minnesota.
Metabolomics Society - Details of membership, sponsor links and news of the second meeting, for six days in Boston, Massachusetts. (June 24, 2006)
4th International Conference on Plant Metabolomics - Details of meeting to be held for four days in Reading, England. (April 7, 2006)
IBC: Targeting Metabolic Syndrome - Forum to discuss scientific advances in the study of the interrelated risk factors, and developments in the therapeutic targets being explored in this field. Meeting to be held for three days in Boston, Massachusetts. (March 27, 2006)

Siklus Nitogen

Siklus Nitrogen

• Nitrogen adalah elemen yang esensial untuk biomolekul spt as, amino, nukleotida

• Semua organisme mampu mengubah ammonia (NH₃) menjadi substansi atau senyawa organik yang mengandung N

• Reduksi N_{2 ­} NH_3­ hanya dapat dilakukan oleh mikroorganisme baik bebas atau yang memerlukan simbiose dengan tumbuhan

 proses ini disebut fiksasi nitrogen secara biologis

• Reduksi NO₃^-  NH₃ : banyak ditemukan pada mikroorganisme dan tumbuhan

• Di biosfer  harus selalu dipelihara keseimbangan antara N inorganik dan N organik

• Konversi nitrogen inorganik  nitrogen organik : fiksasi nitrogen dan reduksi nitrogen

• Nitrogen organik  nitrogen inorganik : katabolisme, dan denitrifikasi

• Nitrosomonas mengoksidasi ammonia  nitrit

• Nitrobacter mengoksidasi nitrit menjadi nitrat

Global Warming vs Fotosintesis

Global Warming vs Fotosintesis

Sengatan sinar matahari yang menerpa permukaan Bumi makin lama terasa bertambah panasnya. Apalagi jika kita berada di area yang tidak terdapat pepohonan, rasanya ingin berlari menjauhi teriknya sang surya. Tanaman, termasuk pohon-pohon hutan, mengubah karbon dioksida (CO₂) atmosfer menjadi karbon melalui fotosintesis. Dedaunan menyerap CO₂ dari atmosfer melalui proses difusi gas dan CO₂ ini dimanfaatkan tumbuhan dalam proses fotosintesis pada saat siklus calvin. Di dalam daun (di organela kloroplas), karbohidrat, asam-asam amino, protein, dan adenosin trifosfat diproduksi melalui fotosintesis. Fotosintesis bergantung pada cahaya, ketersediaan CO₂, serta suhu. Laju fotosintesis berbanding lurus dengan konsentrasi CO₂ di udara dan jumlah kloroplas, serta berbanding terbalik dengan tahanan daun terhadap difusi CO₂.

Iklim memengaruhi laju fotosintesis melalui konsentrasi CO₂ ambien, radiasi matahari, lengas, suhu, dan ketersediaan unsur hara. Pohon-pohon berdaun lebar umumnya memiliki laju fotosintesis yang lebih besar daripada pohon berdaun jarum karena bobot daunnya, tetapi pohon berdaun jarum sebaliknya juga melakukan fotosintesis aktif yang lebih lama terutama di daerah lintang tinggi. Meskipun demikian, variabilitas CO₂ tidak berakibat langsung terhadap variabilitas fotosintesis karena adanya pengaruh variabilitas cahaya, lengas, dan unsur hara. Oleh karena itu, variabilitas CO₂ ambien menyebabkan respons yang berbeda terhadap komponen-komponen ekosistem hutan.

Indonesia memiliki hutan sekitar 140 juta hektare. Namun sayang, sejak sering terjadi kebakaran hutan, khususnya di Sumatera dan Kalimantan, beribu-ribu pohon musnah terbakar. Kebakaran hutan terbesar pernah terjadi pada 1982 seluas 3,6 juta hektare, lalu setelahnya hampir setiap tahunnya ratusan ribu hektare hutan terbakar. Untuk aspek ekologis, dengan musnahnya jutaan hektare hutan, akan mengganggu keseimbangan alam sekitarnya, baik secara lokal atau bahkan akan mendunia.

Secara lokal, keseimbangan alam kehidupan hewan-hewan penghuni hutan akan terganggu, sehingga tidak mengherankan bila ada harimau atau segerombolan gajah masuk ke wilayah perkampungan karena musnahnya habitat tempat mereka berkembang biak. Sedangkan dalam skala besar akan mengganggu keseimbangan biosfer yang sifatnya global.

Mengingat begitu pentingnya bagi keseimbangan ekosistem, tumbuhan perlu dijaga keberadaannya secara proporsional di muka Bumi ini. Apalagi dengan adanya kenaikan konsentrasi CO₂ di atmosfer yang sudah di luar batas kenormalan. Semula kenaikan CO₂ diakibatan oleh proses alam, namun sejak dimulainya revolusi industri pada permulaan abad ke-18, di mana gas karbon dioksida dilepaskan dalam jumlah yang sangat tinggi, jauh melebihi kemampuan tumbuhan hutan dan penyerapan oleh samudera, sebagai agen alam yang berperan sebagai pembersih atmosfer dari gas karbon dioksida, melalui penyerapan langsung maupun melalui pelarutan.

Sejak awal abad ke-20, kerusakan lingkungan akibat ulah umat manusia menjadi makin memuncak, dengan semakin tingginya kenaikan gas karbon dioksida yang didukung dengan tingginya tingkat kepadatan penduduk Bumi. Di samping itu, juga makin pesatnya usaha penebangan pohon-pohon hutan (penggundulan hutan) di kebanyakan negara berkembang, bahkan usaha penebangan hutan yang diikuti dengan pembakaran sisa-sisa penebangan pohon-pohon hutan menambah tinggi konsentrasi CO₂ di atmosfer. Apabila karbon dioksida (CO₂) terakumulasi maka akan terjadi penebalan atau peningkatan konsentrasi selimut gas di atmosfer sehingga melebihi konsentrasi yang seharusnya. Hal ini secara langsung mengakibatkan panas matahari yang seharusnya dapat dipantulkan kembali ke angkasa menyentuh permukaan atmosfer dan terperangkap di dalam Bumi sehingga panas matahari yang tidak dapat dipantulkan ke angkasa akan meningkat pula.

Keywords : Perusakan hutan, ladang fotosintesis berkurang, karbon dioksida (CO₂) terakumulasi, pemanasan global.

Glukoneogenesis

Dalam glukoneogenesis terdapat hormon glukogen yaitu hormon yang diproduksi oleh sel-sel alfa pulau langerhans dari pankreas. Sekresinya dirangsang oleh hypoglikemia dan bila sampai di hati (melalui vena porta), menyebabkan glikogenolisis dengan mengaktifkan fosforilase dengan cara yang sama seperti epinefrin. Sebagian besar hormon glukogen dikeluarkan dari peredaran oleh hati. Tidak seperti epinefrin, glukogen tidak mempunyai efek terhadap fosforilse otot. Glukogen juga menambah glukoneogenesis dan glukogenolisis hati ikut berperan pada efek hiperglikemik dari glukogen.

Bila kadar glukosa darah meningkat relatif tinggi, ginjal juga memberikan pengaruh pengaturannya. Glukosa secara terus menerus disaring oleh glomeruli tetapi biasanya dikembalikan semua ke dalam darah oleh system reabsorbsi tubulus ginjal. Reabsorbsi glukosa dihubungkan ke fosforilasi oksidatif dan penyediaan ATP dalam sel-sel tubuli, suatu proses yang sama dengan proses yang bertanggung jawab untuk absorbsi gula ini dari usus. Kapasitas system tubulus untuk menyerap kembali glukosa dibatasi sampai suatu kecepatan sekitar 350 mg/menit.

Bila kadar glukosa darah meningkat, filtrat glomerulus dapat mengandung lebih banyak glukosa daripada yang dapat direabsorbsi : yang kelebihan ke luar ke dalam urin untuk mengakibatkan glikosuria. Pada individu normal, glikosuria terjadi bila gula darah vena melebihi 170-180 mg/dl. Kadar gula darah vena ini dinamakan ambang ginjal (renal threshold) untuk glukosa

Kemampuan tubuh untuk menggunakan karbohidrat dapat ditentukan oleh pengukuran toleransi karbohidrat. Ini ditunjukkan olah sifat kurva dari glukosa darah setelah pemberian glukosa. Diabetes Melitus ditandai oleh penurunan toleransi karbohidrat karena penurunan sekresi insulin.

Pengaplikasian Pengukuran Kadar Asam di Industri

Dalam dunia industri, khususnya industri pertanian pengukuran kadar asam mempunyai banyak manfaat terkait dengan aplikasinya, dapat diaplikasikan dalam beberapa hal berikut :

1. Untuk menentukan mutu bahan baku yang diperlukan dalam suatu industri. Misalnya industri sirup A membutuhkan bahan baku berupa kadar asam dari orange sekian %.

2. Untuk menentukan penanganan bahan karena bahan dengan kadar asam tertentu memerlukan penanganan bahan yang berbeda-beda.

3. Dengan mengetahui kadar suatu asam dalam suatu bahan, dapat membantu menentukan proses apa yang akan dilakukan terhadap bahan. Misalnya cara pengawetannya.

2. Untuk mengetahui kemungkinan perlunya ditambahkan zat lain karena keberadaan suatu asam. Misalnya kadar asam dalam suatu bahan terlalu berlebihan dan dapat merusak bahan, sehingga perlu ditambahkan zat lain untuk mencegah perusakan bahan atau untuk mengawetkan bahan.

3. Menambahkan suatu asam untuk mengawetkan atau memberi aroma pada suatu bahan makanan.

4. Mencantumkan kadar suatu asam dalam suatu bahan makanan yang dikemas dan akan dijual (nutrition labelling), sebagai salah satu komponen dari label gizinya.

5. Untuk menentukan mutu produk, misalnya sirup A yang baik harus mengandung kadar asam sekian %.

Prosedur Praktikum Keasaman

PROSEDUR PRAKTIKUM

1. Alat dan Bahan

Alat :

1. Neraca Ohauss 1 buah , untuk menimbang berat sampel.

2. Beker gelas 100 mL 3 buah, untuk penempatan sampel dan bahan-bahan lain yang berbentuk cair.

3. Batang pengaduk 2 buah, untuk mengaduk sampel yang telah dimasukkan ke dalam beker gelas agar mudah larut.

4. Pipet ukur 10 mL 2 buah, untuk mengukur dan mengambil volume bahan yang berbentuk cair.

5. Gelas ukur 1 buah, untuk mengukur volume bahan yangb berbentuk cairan.

6. Labu erlenmeyer 6 buah, untuk menampung larutan sebelum dan sesudah titrasi.

7. Buret, untuk mengukur volume larutan secara tepat dan teliti pada waktu melakukan titrasi.

8. Klep buret, untuk memegang buret supaya dapat dipasang pada statif.

9. Statif, untuk tempat menyangga dan memasang buret pada saat melakukan titrasi.

10. Corong 1 buah, untuk membantu penuangan volume zat penitrasi (titran) dalam hal ini NaOH ke dalam buret.

11. Pipet kecil (tetes) 3 buah, untuk mengambil/memindahkan/membuang bahan yang berbentuk cair dalam jumlah sedikit.

Bahan :

1. Sampel berupa :

   1. Sampel hidrous yaitu 5 mL larutan cuka (4,57 gram)

   2. Sampel anhidrous yaitu nutrisari orange 4 gram dan nutrisari lime 4 gram

2. NaOH 0,05 N

3. Aquades secukupnya

4. Indikator phenolphthtalien (PP)

2. Cara Kerja

1. Menyiapkan dan menimbang berat masing-masing sampel dengan neraca ohauss, didapat berat nutrisari orange 4 gram, nutrisari lime 4 gram, dan cuka 4,57 gram (5 mL).

2. Melarutkan masing-masing sampel ke dalam 100 mL aquades, sembari mengaduk sampel dengan batang pengaduk agar sampel cepat larut.

3. Mengambil sampel sebanyak 10 mL (masing-masing tiap sampel dengan pengulangan 2 kali), kemudian masukkan ke labu erlenmeyer.

4. Menambahkan 2-3 tetes indikator PP ke dalam masing-masing sampel.

5. Menitrasi sampel dengan NaOH 0,05 N secara perlahan (tetes demi tetes) sambil menggoyang-goyangkan labu erlenmeyer sampai sampel tepat berubah warna menjadi merah muda.

6. Mengukur volume NaOH yang terpakai pada saat titrasi.

7. Melakukan perhitungan kadar asam sesuai dengan rumus sebagai berikut :

% kadar asam = Vol titrasi x N NaOH x BM asam x Vol pengenceran x 100%

Berat Sampel x Vol larutan yang dititrasi

Kimia Biokimia - Asam Asetat

Asam asetat merupakan salah satu asam karboksilat paling sederhana, setelah asam format. Larutan asam asetat dalam air merupakan sebuah asam lemah, artinya hanya terdisosiasi sebagian menjadi ion H⁺ dan CH₃COO^-. Asam asetat merupakan pereaksi kimia dan bahan baku industri yang penting. Asam asetat digunakan dalam produksi polimer seperti polietilena tereftalat, selulosa asetat, dan polivinil asetat, maupun berbagai macam serat dan kain. Dalam industri makanan, asam asetat digunakan sebagai pengatur keasaman. Di rumah tangga, asam asetat encer juga sering digunakan sebagai pelunak air. Dalam setahun, kebutuhan dunia akan asam asetat mencapai 6,5 juta ton per tahun. 1.5 juta ton per tahun diperoleh dari hasil daur ulang, sisanya diperoleh dari industri petrokimia maupun dari sumber hayati.

Berikut ini struktur bangun dan data penjelasan tentang asam asetat :

Asam asetat
Informasi
Nama sistematis	Asam etanoat Asam asetat
Nama alternatif	Asam metanakarboksilat Asetil hidroksida (AcOH) Hidrogen asetat (HAc) Asam cuka
Rumus molekul	CH3COOH
Massa molar	60.05 g/mol
Densitas dan fase	1.049 g cm−3, cairan 1.266 g cm−3, padatan
Titik lebur	16.5 °C (289.6 ± 0.5 K) (61.6 °F)[1]
Titik didih	118.1 °C (391.2 ± 0.6 K) (244.5 °F)[1]
Penampilan	Cairan tak berwarna atau kristal
Keasaman (pKa)	4.76 pada 25°C